1.国家重点研发计划，2018YFC1803104，长三角农药污染场地强化修复及安全利用技术集成与示范，2019/01-2022/12，90万元，在研，子课题主持。
2.西藏自治区自然科学基金，XZ2018ZRG-89（Z），高海拔地区生活污水处理系统中高效微生物驯化与处理过程优化研究，2018/11-2021/10，15万元，在研，主持。
3.江苏省环境监测科研基金，1803，研究生物毒性在黑臭水体评价中的应用，2018/10-2019/09，7万元，在研，主持。
4.西藏自治区重点研发及转化计划项目，XZ201801-GA-05, 高海拔地区城镇污水高效处理关键技术研发与系统集成示范研究，2018/01-2020/06，40万元，在研，参加。
5.国家重点研发计划，2016YFC0400801，基于生态与健康风险控制的农村供排水模式优化系统，2016/07-2020/06，40万元，在研，子课题主持。
6.国家自然科学基金面上项目，6503000136，纳米颗粒对生物脱氮系统的联合胁迫效应与群体感应耦合调控作用研究，2017/01-2020/12，8万元，在研，参加。
7.太湖水污染治理专项资金（第十期）科研课题，JSZC-G2016-198，乡镇复合污染型河浜水质改善技术集成研究与综合示范，2016/09-2018/09，5万元，已结题，子课题主持。
8.江苏省环境监测科研基金项目，1411，飞行时间质谱法简便、快速鉴定蓝藻新方法的开发以及在监测蓝藻水华中的应用，2014/11-2015/11，8万元，已结题，主持。
9.南京市环境监测中心站委托项目，流域水生态环境质量监测与评价研究测试对比，2015/07-2015/11，5万元，已结题，主持。
10.南京环境科学研究所委托项目，“全国地下水基础环境调查与评估”项目中，“浮游生物定性、定量分析测试”，2015/05-2015/12，5万元，已结题，主持。
11.国家科技重大专项，2012ZX07101-005，竺山湾农村分散式生活污水处理技术集成研究与工程示范，2012/01-2015/12，1942.62万元，已结题，参加。
12.东南大学高校基本科研业务费专项资金，快速、简便鉴定蓝藻新方法的开发和应用，2014/04-2014/11，12万元，已结题，主持。
13.日本环境省科研费，选择性地堷养具有环境净化功能且目前尚未被培养微生物的技术的开发，2010/04-2013/03，3000万日元，已结题，参加。
14.日本产业技术综合研究所, 株式会社日立Plant technology株式会社，住友分析中心合作研究项目，军团菌属(Legionella)细菌的检测和分离技术的开发及应用，2007/04-2010/03，3000万日元，已结题，主要参加。
15.日本产业技术综合研究所运营交付金，利用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱（MALDI-MS）快速鉴别微生物方法的开发，2004/04-2006/03，1000万日元，已结题，主要参加。
16.日本产业技术综合研究所运营交付金，开发对环境修复所必需，分析效率（速度，费用）比目前的方法提高5倍以上的微生物分离技术，2003/04-2005/03，1000万日元，已结题，主要参加。
17.日本学术振兴会研究奖励费，富营养化水生态系统发生的有毒性藻类的繁殖因素和气候变化气体代谢的关系以及因素的研究，2001/01-2003/01，200万日元，已结题，主持。
18.日本环境省科研费，在考虑生物群落相互作用基础上以对湖泊实行适度利用和综合保护为目标的基础研究，1996/04-2000/03，6000万日元, 已结题，主要参加。