东南大学能源与环境学院独立建有动力工程及工程热物理、环境科学与工程2个一级学科博士点和博士后流动站，拥有 “大型发电装备安全运行与智能测控国家工程研究中心”、“零碳能源科学与工程学科创新引智基地”和“清洁高效燃煤发电与污染控制国家重点实验室（共建）”3个国家级科研平台，“能源热转换及其过程测控教育部重点实验室”、“低碳型建筑环境设备与系统节能教育部工程研究中心”、和“环境医学工程教育部重点实验室（共建）”3个教育部科研平台，“江苏省污染治理与资源化工程技术研究中心”、“江苏省太阳能技术重点实验室”、“江苏省污泥安全处置与资源化工程技术中心”和“江苏省碳中和科技发展研究中心”等省部级科研平台。学院目前共有13个校企研发中心正常运行，分别是：东大-江苏省电力设计院联合研发中心 、东大-科远股份能源系统与控制联合研发中心、东大-国电科学技术研究院联合研发中心、东大-大唐（南京）环保科技联合研发中心、东大-中集瑞江罐式车先进技术联合研发中心、东大-华能江苏能源开发公司联合创新中心、东大-中电华创智慧能源技术联合研究中心、东大-东南环境技术联合研发中心、东大-国家能源宿迁公司智慧能源联合研发中心 、东大-光大环境双碳联合研发中心、东大-安荣信科技双碳联合研发中心、东大-中核武汉/105所核电数智运行联合研发中心、国信集团-东南大学智慧能源与电力系统联合研发中心。学院大力拓展与大型央国企的合作领域、加强协同创新，助力国家能源事业的发展，学院与国家电力投资集团有限公司、国家能源投资集团有限责任公司、中国质量认证中心、中国联合重型燃气轮机技术有限公司、江苏省国信集团有限公司等大型央国企签订了战略合作协议。

2022年-2026年，东南大学能源与环境学院牵头承担国家及省部级以上科研项目280余项，其中科技部国家重点研发计划项目牵头8项，国家重点研发计划课题20余项，国家自然科学基金委重大重点项目9项、青A项目1项、青B项目3项，面上、青年等项目120余项，江苏省厅级项目120余项。近五年SCI收录论文4000余篇，授权国家发明专利700余件。2025年，学院科研到款经费达2.96亿元，8人入选爱思唯尔2024年度“中国高被引学者年度榜单”，4人入选科睿唯安2025年度“全球高被引科学家”名单 （全校23人次）。