东南大学能源与环境学院独立建有动力工程及工程热物理、环境科学与工程2个一级学科博士点和博士后流动站，拥有1个国家级科研平台“大型发电装备安全运行与智能测控国家工程研究中心”和“能源热转换及其过程测控教育部重点实验室”、“低碳型建筑环境设备与系统节能教育部工程研究中心”、 “江苏省污染治理与资源化工程技术研究中心”、“江苏省太阳能技术重点实验室”、“江苏省污泥安全处置与资源化工程技术中心”等省部级科研平台。学院目前共有10个校企研发中心正常运行，分别是：东大-江苏省电力设计院联合研发中心 、东大-科远股份能源系统与控制联合研发中心、东大-国电科学技术研究院联合研发中心、东大-大唐（南京）环保科技联合研发中心、东大-中集瑞江罐式车先进技术联合研发中心、东大-东南环境技术联合研发中心、东大-国家能源宿迁公司智慧能源联合研发中心 、东大-光大环境双碳联合研发中心、东大-安荣信科技双碳联合研发中心、东大-江苏特种设备安全监督检验院碳中和科技联合研发中心。为了进一步拓展与大型央企的合作领域、加强协同创新，助力国家能源事业的发展，学院与国家能源投资集团有限责任公司、中国质量认证中心、中国联合重型燃气轮机技术有限公司、大唐安徽发电有限公司等大型央企签订了战略合作协议。

2018年-2022年，东南大学能源与环境学院承担国家及省部级以上科研项目390余项，其中科技部国家重点研发计划项目牵头8项，国家重点研发计划课题20余项、子课题30余项，国家自然科学基金委重点项目3项、优青4项，面上、青年等项目110余项，江苏省厅级项目72项，2020年以来科研到款经费已连续三年超过1亿元，其中2022年达到1.35亿元。近5年获得发明专利授权750项，发表SCI论文2350篇，EI论文2690篇。SCI收录论文累计每篇平均引用次数16.73次（Web of Science），H-index 指数68。2022年，学院有7位学者入选“Elsevier 中国高被引学者名单”。