东南大学能源与环境学院独立建有动力工程及工程热物理、环境科学与工程2个一级学科博士点和博士后流动站，拥有“能源热转换及其过程测控教育部重点实验室”、“低碳型建筑环境设备与系统节能教育部工程研究中心”、“环境医学工程教育部重点实验室（与东南大学公共卫学院共建）”、“火电机组振动国家工程研究中心”、“江苏省污染治理与资源化工程技术研究中心”、“江苏省太阳能技术重点实验室”、“江苏省污泥安全处置与资源化工程技术中心”、“东大-江苏省电力设计院研发中心”、“国家级机械动力类专业人才培养模式创新实验区”、“东南大学－三菱电机FA实验室”、“Wonderware联合实验中心”等多个个国家、省部级及企业共建的科研基地。拥有各类分析仪器350多台，试验台200余套。仪器设备使用状况良好，大型仪器90%以上实现校内共享。

2015-2019年，东南大学能源与环境学院承担国家及省部级以上科研项目210余项，其中科技部国家重点研发计划项目牵头4项，国家重点研发计划课题10项、子课题29项，国家自然科学基金委杰青1项、优青2项，国际合作项目8项，面上等项目90余项，江苏省厅级项目73项，每年到款经费8000万左右，获得发明专利授权661项，发表SCI论文1356篇，EI论文1591篇。SCI收录论文累计每篇平均引用次数14.55次（Web of Science），H-index 指数69。两名教授连续六年入选“Elsevier 中国高被引学者名单”。